Koronatesti, omikron ym.

[Minae]

Mitenhän koronatestistä pystyy määrittelemään variantit? Onko teillä tietoa tai henkilökohtaista kokemusta, missä näitä määritellään ja kuinka? Eikö käytännössä kaikki testit pitäisi testata myös varianttien suhteen, jotta ne löydettäisiin?

[jupet]

Yleisesti geenivarianttien tunnistuksessa/seulonnassa käytetään PCR-koettimia tai spesifisiä alukkeita. Näillä tekniikoilla myös covidin jo tunnetut variantit voidaan tunnistaa näytteistä. https://www.bio-rad.com/en-fi/applications-technologies/introduction-pcr-primer-probe-chemistries?ID=LUSOJW3Q3  En tiedä mitä keinoja eniten käytetään juuri covidin osalta (useilla valmistajilla on testejä joissa voi olla keskenään hieman eri tekniikka), mutta keinot on pohjimmiltaan samat oli kyse viruksen tai syöpäkasvaimen geeneistä tai perinnöllisen sairauden aiheuttavasta mutaatiosta. PCR:n perusteet esim täältä https://www.sigmaaldrich.com/FI/en/technical-documents/technical-article/genomics/pcr/routine-amplification

Kokonaan uuden variantin määrittely vaatii koko viruksen genomin sekvensoinnin (vähintään tartunnan kautta oleellisten tunnettujen geenien sekvensoinnin) ja asiantuntijan manuaalisesti suorittaman vertailun aiemmin tunnettuihin variantteihin.

Kaikkia näytteitä tuskin voidaan analysoida kaikkien/tuntemattomien varianttien suhteen mutta näytteitä screenataan tunnetut oleellisimman variantit kattavilla paneleilla. Viruksen kokonaan sekvensointi uusien varianttien löytämiseksi (ks. ylempää) on kallista ja hitaahkoa joten sitä ei voida tehdä rutiinisti kaikille näytteille vaan jollain protokollalla (en tiedä millä) valitaan tarkemmin tutkittavat näytteet mahdollisimman edustaviksi.

Edited November 30, 2021 by jupet